Sözcü'den Deniz Ayhan'ın haberine göre 7 ay sonra havalimanının çatısı sorun çıkardı. Havalimanı yapımı esnasında Tokat Havalimanı terminal çatısı iki kez rüzgardan dolayı uçtu.
Terminal binası yapılırken güneşin yönü doğru hesaplanamadığı için buzlanma yaşandığı da bildirildi. Ayrıca yoğun yağış olduğu günlerde havaalanı terminalinin su aldığı belirtildi. Havalimanının çatı ihalesini 25 milyon 943 bin TL'ye bir mühendislik firması kazandı. CHP Tokat Milletvekili Kadim Durmaz,
“Çatıda damlamalar olduğu ve bunun proje hatasından kaynaklandığı söylendi. İki defa ihale edilmiş bir yer. Şimdi 3. kez ihale ediliyor. Milyonlarca yoksulun olduğu ülkemizde kamu kaynaklarının bu şekilde kullanılması içimizi acıtıyor, üzülüyoruz. Cumhurbaşkanının bir kente gidişi planlanıyor, açılış tarihe buna göre konuyor. Erdoğan'ın programına yetişecek diye böyle fahiş hatalar yapılıyor.” ifadesinde bulundu.