Köprünün yapımında Mimar Mimar Sinan'ın öğrencilerinden biri olan mimar Mimar Hayruddin tarafından Osmanlı mimarisinin zarafeti ve dayanıklılığı gözetilerek inşa edilmiştir. Mostar Köprüsü, 21 metre yüksekliği ve Neretva Nehri üzerindeki zarif kemer yapısıyla öne çıkar. Köprü, Osmanlı dönemindeki mimari estetiği yansıtmasıyla ve tarihi önemiyle Bosna Hersek ve bölgenin sembol yapılarından biri olarak kabul edilir.
Mostar Köprüsü, zaman içinde çeşitli onarımlar görmüş olsa da, Bosna Savaşları sırasında 1993 yılında hasar görmüş ve yıkılmıştır. Ancak uluslararası çabalar sonucunda orijinal yapının tasarımına sadık kalınarak restore edilmiştir. Bu restorasyon çalışmaları, Mostar Köprüsü'nün UNESCO Dünya Mirası Listesi'nde yer almasını sağlamıştır.
Bugün Mostar Köprüsü, Mostar şehrinin simgelerinden biri olarak hala ayakta durmaktadır. Hem tarihi hem de kültürel bir değer olarak ziyaretçileri kendine çeken bu köprü, Bosna Hersek'in ve Osmanlı İmparatorluğu'nun izlerini taşıyan önemli bir anıttır.