Balotelli, futbolculuk kariyerine 2006 yılında İtalyan kulübü Lumezzane'de başladıktan sonra, Serie A takımlarından Inter Milan'a transfer olmuştur.
Inter Milan'da başarılı bir dönem geçiren Balotelli, ardından 2010 yılında İngiliz Premier League takımlarından Manchester City'ye transfer olmuştur. Manchester City ile Premier League şampiyonluğu yaşamış ve bu dönemde bazı unutulmaz anlara imza atmıştır. Ancak disiplinsiz davranışları ve tartışmalarıyla da gündeme gelmiştir.
Balotelli daha sonra AC Milan, Liverpool, ve Nice gibi kulüplerde oynamıştır. 2023 itibariyle Adana Demirspor forması giymiştir.