Bu olay sırasında Pasifik Okyanusu'ndaki deniz yüzeyi sıcaklıkları, özellikle Ekvador ve Peru açıklarında artar. Bu sıcak su akıntıları, normalde soğuk ve besleyici olan Humboldt Akıntısı'nın yerini alır, bu da deniz yaşamı ve balıkçılık faaliyetleri üzerinde olumsuz etkilere yol açabilir.
El Niño soğuğu, küresel olarak atmosferik dolaşımlar ve hava modellerinde değişikliklere neden olur. Bunun sonucunda dünya genelinde hava koşulları etkilenir. Bazı bölgeler aşırı yağışlar alırken, diğer bölgeler kuraklıkla karşı karşıya kalabilir. Sıcaklıkların yükselmesi, kasırga ve tropikal fırtına aktivitesini artırabilir.
El Niño soğuğu olayları, genellikle 2 ila 7 yıl arasında tekrarlanır ve küresel iklimde önemli değişikliklere neden olabilir. Bu olayların etkilerini anlamak ve tahmin etmek, çeşitli sektörler için (tarım, su kaynakları, enerji üretimi, vb.) stratejik planlamada kritik öneme sahiptir.