İzzetbegović, İkinci Dünya Savaşı'ndan sonra Yugoslavya Krallığı içinde büyüdü ve genç yaşlarda Müslüman topluluğunun haklarını savunmaya başladı. 1971 yılında yazdığı "İslam Deklarasyonu" adlı eseri, İslam'ın modern dünyada nasıl bir rol oynaması gerektiği konusunda düşüncelerini ifade eder. Ancak bu eser, Yugoslavya hükümeti tarafından tehlikeli bulundu ve İzzetbegović 1970'lerin sonlarında birkaç yıl hapis cezasına çarptırıldı.
Bosna Savaşı (1992-1995) sırasında Aliya İzzetbegović, Bosna Müslümanlarının lideri olarak önemli bir figürdü. Bosna-Hersek'in bağımsızlığını ilan ettiği 1992 yılında cumhurbaşkanı seçildi. Savaşın zorlu koşulları altında Bosna-Hersek'in bağımsızlığını savundu ve uluslararası toplumdan destek aradı. Savaş sona erdikten sonra Bosna-Hersek'in cumhurbaşkanı olarak görevine devam etti ve ülkenin yeniden inşası sürecine katkıda bulundu.